Un nuevo Bicampeonato (1980-1993)

En 1982, después de ocho años, el club consiguió el título nacional tras ganar sus tres compromisos en la liguilla final, consiguiendo seis puntos. El triunfo decisivo fue ante Deportivo Municipal, al que venció 1:0 con anotación de Hugo Gastulo. En 1985, el título fue nuevamente para el equipo estudiantil, tras obtener el Torneo Regional y la liguilla final del Campeonato Descentralizado de ese año ganando los cinco encuentros que disputó, el último de los cuales fue ante Los Espartanos de Pacasmayo por 4:0, con anotaciones de Miguel Seminario, Fidel Suárez, Eduardo Rey Muñoz y Jaime Drago.

Universitario de Deportes volvió a la cima del fútbol peruano en 1987. Como primer paso para este nuevo lauro obtuvo el título del Torneo Regional, con lo que quedó a la espera del ganador de la liguilla para disputar el título nacional. Luego vino el Descentralizado, que fue para Alianza Lima. El clásico definitorio fue a favor de los merengues por 1:0, con anotación de Fidel Suárez. En 1990, con la llegada de Fernando Cuéllar al banquillo crema, Universitario de Deportes obtuvo el Torneo Regional 1990-I, clasificándose automáticamente para la final nacional, donde se enfrentó al Sport Boys del Callao, vencedor del torneo descentralizado.

La final se disputó el 3 de febrero de 1991, con victoria para la escuadra merengue, que se impuso 4:2, con anotaciones de Roberto Martínez, Héctor Cedrés y Oswaldo Araujo, mientras que por el Sport Boys descontaron Pedro Requena (autogol) y Carlos Henrique Paris. En el año de 1992 las bases del campeonato nacional fueron nuevamente modificadas y se volvió al sistema de torneos descentralizados de dos ruedas con la participación de dieciséis clubes, dejándose de lado los certámenes regionales.

El club se llevó el título faltando una fecha para el final del campeonato, tras vencer 4:1 a San Agustín, con goles de Ronald Baroni, César Charún y José Luis Carranza. Bajo la dirección técnica de Sergio Markarián, la «U» revalidó su título en 1993, logrando un nuevo bicampeonato para la institución. Lo hizo luego de vencer 3:0 a San Agustín, con Juan Carlos Zubczuk en el arco y anotaciones de Jorge Amado Nunes y Roberto Martínez, obteniendo de esa manera el cuarto bicampeonato del club, tras diecinueve victorias, siete empates y cuatro derrotas.